京都大学は以下のアフリカの大学と学生交流協定を結んでいます。
大学間学生交流協定
部局間学生交流協定
- 工学部・工学研究科
- エジプト カイロアメリカン大学（理工学部・工学研究科）
大学間学術交流協定
- エジプト・アラブ共和国
- エジプト科学研究技術アカデミー (2010)
- エジプト日本科学技術大学 (2012) (2017 更新)
- ギニア共和国
- コナクリ大学 (2013)
- スーダン共和国
- ハルツーム大学 (2001) (2007 更新)
- ボツワナ共和国
- ボツワナ大学 (2012) (2018 更新)
- ウガンダ共和国
- マケレレ大学 (2015)
- コンゴ民主共和国
- キンシャサ大学 (2015)
- モロッコ王国
- ムハンマド5世大学 (2016)
- ガーナ共和国
- ガーナ大学 (2017)
- エチオピア連邦民主共和国
- アジスアベバ大学 (2017)
- タンザニア連合共和国
- ソコイネ農業大学 (2019)
- ザンビア共和国
- ザンビア大学 (2019)
- マダガスカル共和国
- アンタナナリヴ大学 (2019)
部局間学術交流協定
- 理学研究科
- ガボン共和国国立ガボン科学技術研究センター（2009)
- マダガスカル共和国アンタナナリヴ大学理学部（2018)
- 工学研究科
- エジプト・アラブ共和国カイロアメリカン大学（2017）
- アジア・アフリカ地域研究研究科
- カメルーン共和国ヤウンデ第1大学 人文社会学部（2003）
- エジプト・アラブ共和国カイロ大学 アジア研究所政経学部（2008）
- エチオピア連邦民主共和国アジスアベバ大学 エチオピア研究所（2009）
- ウガンダ共和国マケレレ大学 人文社会科学カレッジ（2011）
- ガーナ共和国ケープコースト大学地理学・地域計画学教室（2014）
- カメルーン共和国チャン大学農学部（2014）
- マダガスカル共和国アンタナナリヴ大学理学部（2018）
- ナイジェリア連邦共和国国際熱帯農業研究所（2010）
- ギニア国ボッソウ環境研究所（2016）
- 情報学研究科
- エジプト・アラブ共和国カイロ大学 計算機情報学部（2004）
- 地球環境学堂
- タンザニア連合共和国ソコイネ農業大学 農学部（2014）
- カメルーン共和国チャン大学 農学部（2014）
- 農学部
- タンザニア連合共和国ソコイネ農業大学（1994）
- 防災研究所
- エジプト・アラブ共和国水資源・灌漑省国立水資源研究所（2011）（2016 更新)
- エジプト・アラブ共和国カイロドイツ大学（2015）(2020 更新)
- 霊長類研究所
- ギニア共和国ギニア科学技術庁（1998）
- コンゴ民主共和国生態森林研究所（2010）
- コンゴ民主共和国キンシャサ大学 理学部（2013）
- ギニア共和国ボッソウ環境研究所（2016）
- 東南アジア地域研究研究所
- エジプト・アラブ共和国カイロ大学 アジア研究所政経学部（2008）
- 野生動物研究センター
- タンザニア連合共和国タンザニア野生動物研究所（2013）
- コンゴ民主共和国ユネスコ・アフリカ地域熱帯雨林、土地統合管理大学校（2015）
- ウガンダ共和国チンパンジーサンクチュアリ（2016）
- アフリカ地域研究資料センター
- エチオピア連邦民主共和国アジスアベバ大学 社会科学部（1988） (1992 更新)
- コンゴ民主共和国人文科学研究センター（1988）
- コンゴ民主共和国保健科学研究所（1988）
- コンゴ民主共和国自然科学研究センター（1988）
- マダガスカル共和国チンバザザ動植物園（1988）
- エチオピア連邦民主共和国アジスアベバ大学 エチオピア研究所（2009）
- ウガンダ共和国マケレレ大学 人文社会科学カレッジ（2011）
- ガーナ共和国ケープコースト大学地理学・地域計画学教室（2014）
- ギニア共和国ボッソウ環境研究所（2016）
- マダガスカル共和国アンタナナリヴ大学理学部（2018）
- ザンビア共和国ザンビア大学経済社会科学研究所（2018）